Історія кафедри економіки підприємства бере свій початок з 1944 р., коли у складі економічного факультету розпочала роботу кафедра політичної економії. Новітня історія кафедри пов’язана з кафедрами політичної економії природничих факультетів та управління і аналізу господарської діяльності підприємств.
У 60-х роках ХХ ст. у зв’язку зі збільшенням кількості факультетів і зростанням контингенту студентів виникла потреба глибше враховувати специфіку вивчення економічної теорії на економічному, природничих і гуманітарних факультетах. Тому на базі колись єдиної загальноуніверситетської кафедри політекономії у червні 1963 року Наказом ректора Київського ордена Леніна державного університету ім.Т.Г.Шевченка було створено три нові кафедри політичної економії: економічного факультету, гуманітарних факультетів і природничих факультетів. Кафедра політичної економії природничих факультетів у 70-ті роки стала опорною для природничих факультетів вищих навчальних закладів України. Кафедра координувала навчально-методичну, наукову та виховну роботу аналогічних підрозділів вищих навчальних закладів України. У різні періоди її очолювали талановиті педагоги і науковці, організатори економічної науки в Україні: д.е.н., проф. М.П.Панченко (1963-1975), д.е.н., проф. М.С. Черненко (1975-1988), д.е.н., проф. Ю.В.Ніколенко (1988-1998).
У 1984 році на економічному факультеті Київського державного університету ім. Т.Г. Шевченка було проведено реорганізацію діючих кафедр і створено нову кафедру: «Управління і аналізу господарської діяльності підприємств». Згідно з наказом ректора у січні 1985 року на посаду завідувача цієї кафедри було призначено обрану за конкурсом д.е.н. Воротіну Людмилу Іванівну, випускницю і вихованку економічного факультету. У 1985 році кафедру «Управління і аналізу господарської діяльності підприємства» було перейменовано на кафедру «Управління та економіки підприємства». Нова кафедра розпочала підготовку фахівців з економіки підприємства.
6 квітня 1998 р. на основі об’єднання і реорганізації кафедр економіки природничих факультетів і управління та економіки підприємства було створено кафедру теоретичної та прикладної економіки. Зав. кафедри було призначено д.е.н., проф. А.В. У 2012 р. рішенням Вченої ради факультету та університету кафедра перейменована на кафедру економіки підприємства, яку з 2011 року очолює д.е.н., професор, заслужений економіст України Филюк Галина Михайлівна.
Сьогодні на кафедрі економіки підприємства працює 5 професорів: проф. Баюра Д.О., проф. Грішнова О.А., проф. Єхануров Ю.І., проф. Филюк Г.М., проф. Шегда А. В., та 14 кандидатів економічних наук та доцентів.