Виникнення в 60-х роках ХХ століття нової науки — кібернетики, яка здійснила величезний вплив на розвиток інших наук, в тому числі і на економіку, — призвело до усвідомлення гострої необхідності розвитку математичних методів в економічних дослідженнях. Нагальні потреби України в економістах з поглибленою математичною підготовкою, з навичками системного мислення в аналізі економічних явищ будь-якого рівня складності та знаннями сучасних методів кібернетики засвідчили необхідність створення такого важливого наукового напряму в економічній теорії як економічна кібернетика. Розвивати новий напрям покликані були новостворені кафедри економічної кібернетики, які з’явились в той час в провідних навчальних закладах України.
Кафедра економічної кібернетики Київського національного університету імені Тараса Шевченка була заснована в 1965 році в складі економічного факультету при активній підтримці ректора університету академіка І.Т. Швеця, а також засновника української кібернетичної школи академіка В.М. Глушкова. З ініціативи В.М. Глушкова був створений факультет кібернетики Київського університету імені Тараса Шевченка, в складі якого кафедра економічної кібернетики перебувала з 1969 року по 1988 рік. З 1989 року кафедра економічної кібернетики знову входить до складу економічного факультету університету.
Першим завідувачем кафедри був професор Костянтин Іванович Швецов, широко відомий своїми науковими працями у галузі теорії функцій дійсного змінного, математичного програмування, історії математики та педагогіки. К.І. Швецов залучив до роботи на кафедрі висококваліфікованих фахівців, достатньо сказати, що доцентом кафедри тоді працював майбутній академік із світовим ім’ям В.С. Михалевич. Кафедрою свого часу завідували професори Ляшенко І.М., Ястремський О.І., Карагодова О.О., з 1996 по 2020 рік кафедру очолював доктор економічних наук, професор Черняк Олександр Іванович – провідний український вчений-економіст в галузі вибіркових досліджень, актуарної математики, методології економіко-математичне моделювання.
З 2021 року завідувачем кафедри є доктор економічних наук, професор Ляшенко Олена Ігорівна – відомий вчений в галузі економіко-математичного моделювання, дослідження динамічних процесів в економіці, моделей економічного зростання.
На кафедрі економічної кібернетики працює наукова школа економіко-математичного моделювання під керівництвом д.е.н., проф. Ляшенко Олени Ігорівни. Наукову школу було започатковано у 1911 році, коли була написана наукова робота «Теорія граничної корисності» та відзначена золотою медаллю Імператорського університету Св. Володимира (сьогодні Київський національний університет імені Тараса Шевченка). Засновник наукової школи – Євген Євгенович Слуцький (1880-1948), вчений зі світовим ім’ям, автор глибоких та оригінальних праць у галузі економічної теорії, економетрики, теорії ймовірностей та математичної статистики. На сучасному етапі розвитку школи світове визнання отримали: наукові дослідження з еколого-економічного моделювання (проф. І.М. Ляшенко), теорія оптимального розміщення при проведенні соціально-економічних вибіркових обстежень (проф. О.І. Черняк), застосування байєсівських мереж в економіці (проф. О.І. Черняк), математичне моделювання динаміки відкритої економіки (проф. О.І. Ляшенко), моделювання фінансових ризиків (проф. А.Б. Камінський).
Кафедра економічної кібернетики економічного факультету здійснює освітню діяльність на всіх рівнях вищої освіти за спеціальністю 051 – «Економіка», а саме: бакалавр, магістр (освітня програма «Економічна кібернетика») та доктор філософії. Нині кафедра є авторитетним осередком науково-освітнього простору України. Станом на жовтень 2021 року колектив кафедри налічує 18 викладачів, з них 7 докторів наук (3 доценти і 4 професори) і 10 кандидатів наук, (6 доцентів та 4 асистенти). Серед викладачів – 7 випускників кафедри економічної кібернетики. Середній вік викладачів кафедри – 45 років.