На факультеті функціонує дванадцять кафедр:

Кафедра економічної кібернетики
Кафедру економічної кібернетики Київського державного університету імені Тараса Шевченка було засновано у 1965 році. З липня 2003 року кафедра першою в Україні почала підготовку з нової магістерської спеціальності «Прикладна економіка».
Кафедра має тісні наукові зв'язки з фахівцями економічної кібернетики країн СНД і з  багатьма закордонними вузами. Викладачі та студенти проходять стажування та навчання за кордоном.

Кафедра економічної теорії
Кафедра економічної теорії Київського національного університету імені Тараса Шевченка — одна з найстаріших наукових установ у складі класичних університетів країни, готує студентів протягом 162 років.
Професорсько-викладацький склад кафедри бере активну участь у роботі Науково-методичної комісії з економіки та управління класичних університетів, співпрацює з науковими центрами і кафедрами зарубіжних університетів.

Кафедра менеджменту інноваційної та інвестиційної діяльності
Кафедра була першою в Україні і другою в кранах СНД з підготовки фахівців з менеджменту, які спеціалізувалися на дослідженні інноваційних процесів і державної науково-технічної політики.
Напрями спеціалізації кафедри, що затверджені Міністерством освіти і науки України, — менеджмент організацій інноваційної діяльності; менеджмент організацій інвестиційної діяльності; менеджмент організацій маркетингової діяльності.

Кафедра міжнародної економіки
Кафедру міжнародної економіки було створено у 1998 році. Підготовка фахівців здійснюється за спеціальністю «Міжнародна економіка» на денній та заочній формі навчання.
Активно впроваджується програма «Visiting professor» — викладання в закордонних університетах, запрошення іноземних викладачів, спеціалістів у галузі міжнародної економіки та бізнесу. Кафедра забезпечує всіх студентів місцями проходження практики.

Кафедра обліку та аудиту
Кафедру обліку та аудиту було засновано у 1990 році. Здійснюється підготовка за спеціальністю «Облік і аудит» на денній та заочній формі навчання.
Фахові знання студенти здобувають завдяки співпраці з Комітетами Верховної Ради України, Адміністрацією Президента України, Міністерствами фінансів, освіти та науки, Держкомстатом України, Аудиторською палатою України та Федерацією професійних бухгалтерів та аудиторів України.

Кафедра теоретичної та прикладної економіки
Кафедра теоретичної та прикладної економіки бере свій початок з 1944 року. Підготовка фахівців здійснюється за спеціальністю «Економіка підприємства».
Кафедра бере участь у підготовці нової магістерської спеціальності «Прикладна економіка» в класичних університетах України. Для проходження практики налагоджені зв'язки з підприємствами, науково-дослідними інститутами, аналітичними центрами, урядовими структурами.

Кафедра фінансів, грошового обігу та кредиту
Кафедру фінансів, грошового обігу та кредиту було засновано у 1992 році. Ведеться підготовка висококваліфікованих фахівців із спеціальностей «Фінанси» та «Банківська справа».
Випускники кафедри працюють у сфері державного управління, зокрема в системах Міністерства фінансів, Державного казначейства, Державної податкової адміністрації, Національного банку України, у страхових компаніях, комерційних банках тощо.